因为盆中的泥土很有限，而盆栽只能借助盆中泥土的养分生长，所以会出现养分不足的情况。如果想要改善这种情况，就必须给盆栽施肥。
肥料所含有的氮磷钾，对植物而言是特别重要的东西。氮有“叶肥”之称。氮一不足，生长就会变缓，叶子就会变成淡绿色。反之如果含氮过多，就会出现树叶繁茂，不宜开花的情况。磷有花肥、果肥之称。磷一不足，花就会难以开放。磷是开花结果的盆栽不可缺少的营养素。钾有根肥之称，其主要作用是促使根部生长。除此之外，盆栽还需要铁、硫、镁的给其他营养素，但一般只需要微量，而且泥土中已含有这些营养素。
从形状上看，肥料有呈块状或粒状的固体肥料、呈液态的液体肥料、呈粉状的粉肥等。按有效性分类，则又可以分为速效性肥料和慢效性肥料。园艺店一般都有形形色色的肥料。这些肥料成分调配比例不同，效果也不同，而且每种肥料都具有各自的特点。建议初学者选择有机肥料。
一般严谨给盆栽施加过多的肥料。虽然树种不同，施肥期也存在一些差异，但树进入活动期的3-5月和树开始为冬天储存养分的9-10月，是较为合适的施肥期。不过，结合培育目的的施肥，也是件重要的事。比如，接下来要培育树形的小树，为了让其长得结实，应从春天开始施加足量的肥料；而枝繁叶茂的成年树，就应在新梢停止生长后施肥—如果在这之前给成年树施肥，树脂就会长得有粗壮又粗糙。
接下来要培育树形的小树，为了让树长得结实，应从春天开始施加足量的肥料，而已培育出树形或不想让它长得过大的迷你盆栽，则应控制施肥量。而且，春天应暂不施肥，因为如果初春给这样的盆栽施肥，树枝就会长得过粗，到了秋天，当树开始为冬天储存养分时，再施肥。
此外，因为长势不好的树吸肥能力也不好，所以这类树应应控制施肥量。请将长势不好的树移至半阴处，先用喷雾器浇水，再边观察其恢复情况边一点点的施肥。
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