棚室甜瓜土壤合理耕作的好处：一是可以改变耕层的物理特性，调节土壤中固相、液相、气相得比例。二是可以一直杂草的生长，调节土壤中微生物的活动。三是可以及时清除田间根茬，掩埋带菌体。
棚室甜瓜土壤深翻结合不同的茬口进行，土壤深翻要结合驶入大量有机肥和无机肥。注意土壤深耕不需要每年进行，一般结合旋耕进行，每3-4年深翻一次。注意土壤耕作不要将生土翻上来，应遵循“熟土在上，生土在下，不乱土层”的原则。
(1) 实行轮作换茬 对于连坐而造成的土壤恶化，需要通过轮作做起，与玉米等轮作，可有效降低土壤盐分，减轻连坐危害。
(2) 高温闷棚、消毒 前茬甜瓜拔秧后，每亩施石灰氮70-80千克、粉碎麦秸500-1000千克，深翻、耙平。高温处理20天后，通风并揭去地膜晾晒5-7天，再施肥、整地。
(3) 深翻土壤，避免耕作层变浅 由于连年使用旋耕机翻地使得土壤耕作层变浅，不利于根系生长，容易因浇水施肥而造成伤根。可用旋耕机打地与人工深翻相结合的方法，翻地30厘米左右深，避免10-15厘米的耕作层形成硬底层，导致耕作层变浅。
(4) 重视有机肥的施用，减少化肥的施用 土壤板结、“泛青”现象突出，可以说是常年大量施用化肥，土壤中有机质缺乏的表现，只有补充有机质才能解决土壤板结的现状。同时，有机肥营养全，可长期均衡地供应甜瓜生长所需的营养，避免生长后期脱肥、早衰现象发生，是化学肥料所不能替代的。因此，要重施有机肥，甜瓜每亩施用鸡粪10平方米左右。
(5) 要曾施生物菌肥，维护土壤微生物的平衡 菌肥不但有降解土壤盐害、改良土壤的作用，而且还有以菌抑菌预防蔬菜死颗，增加土壤有益菌数量，维护土壤微生物平衡的功效。
