有机肥能提供作物需要的养分和提高土壤养分的有效性。由于作物每年要从土壤中吸取大量养分，如何保持并进一步提高土壤养分贮量是土壤改良中的重要问题，有机肥料的施用对此起到了十分重要的作用。

有机肥中含有各种作物需要的营养元素，施入土壤后，在微生物的作用下，可源源不断地释放，供作物吸收利用，尤其是对作物微量元素的补充起到重要作用。有机肥料施入土壤分解后，产生各种有机酸和碳酸，可促进土壤难藩性磷酸盐的转化，提高磷的有效性。