生物有机肥售价较高，一些不法分子受利益驱使，制售伪劣产品，损害了正规合法企业和农民的利益。生物有机肥的有效活菌看不见摸不着，从产品外观上看与普通有机肥料无异，如何鉴别真伪呢？
一是检查包装上是否有农业部颁发的微生物肥料登记证。由于生物有机肥是一种具有特殊功能的肥料，产品登记是在农业部微生物肥料登记中心进行，并由农业部颁发肥料登记证。
二是检查包装上是否标注有效活菌数。如果没有，就是假冒伪劣产品。
三是检查包装上是否标有产品生产日期和有效期。因为生物有机肥料中的特殊功能菌种是活的、有生命的，随着产品保存时间的延长，特殊功能菌种的有效活菌数会不断减少，所以产品有效期标得太长是对用户不负责。
四是看包装上是否有“NY884-2012生物有机肥”标准字样。生物有机肥和普通有机肥料的产品执行标准不同，前者是NY884-2012（代替之前的NY884-2004），后者是NY525-2012（代替之前的NY525-2002）。
五是可以去农业部种植业管理司相关网站进行查询。
对于经销商来说，还可以从产品检验报告书反映的信息推断生物有机肥的真伪。首先是查看该批产品检验报告上产品名称、检验依据、技术指标等与包装标志是否一致，一定要查看“监督检验”报告，而不是“委托检验”或者是生产企业自己出具的检验报告。
生物有机肥料含水量太高或太低都不利于菌种的存活，所以从含水量参考判断比较直接。抓一把肥料在阳光下观察是否阴潮，抛起来看看是否扬灰尘。肥料潮湿呈团状，或者干燥呈灰状都是不合格产品。
生物有机肥料中添加的载体应该是由多种有机营养物质组成的“套餐”，既然是多种原料组合，在光线下观察就应该能够看到多种原料的痕迹。一般产品的成分中含有植物秸秆（如玉米芯、豆粕等），仔细观察可以看到原料的真实成分，部分原料有特殊气味。
