土壤也是一个农业系统内营养物质循环的基石。在一把土壤中，宙有无数的土壤微生物，它们运输养分并提供给植物根部吸收。与家畜一样，土壤微生物也需要“喂食”，有机粪肥、作物残茬与绿肥都能为土壤中的生命提供营养；而且，活着的植物通过其根部释放有机物质，也可用做土壤微生物的食物。

因此，在有机农业生产中，土壤培肥是先用有机肥喂土壤，这些有机肥再通过土壤微生物的加工分解反过来为植物提供生长所需的各种物质，而不像常规农业那样用化学肥料直接为作物提供养分。因此，可以说，健康的土壤是有生命的土壤。土壤生物（微生物、昆虫、蚯蚓等）的活性决定着土壤是否肥沃。肥沃的土壤结构保持了适宜的土壤湿度，保证了最佳的植物生命状态，从而也能提高植物抵抗病虫害的能力。