有机枸杞生产过程中严禁使用任何人工合成的化肥、生长调节剂，只能依靠使用足够数量的有机肥以维持和提高土壤的肥力、营养平衡和土壤生物的活性。

生产中通过回收、利用、再生补充土壤有机质和养分等措施，弥补因枸杞收获而从土壤中带走的有机质、土壤养分和其他资源。有机肥应主要源于有机农场。遇到特殊情况或处于转换期或证实有特殊的养分需求时，茎认证机构许可可以购入一部分农场外的肥料。外购的商品有机肥，应通过有机认证或经认证机构许可。

限制使用人粪尿，必须使用时，应该进行充分附属和无害化处理，并禁止与枸杞果实解除。非人工合成的矿物肥料和生物肥料只能作为培肥土壤的辅助材料，不可作为整个系统中营养循环的替代物质。

矿物肥料只能作为长效肥料并保持其天然组分，禁止采用化肥方法处理提高其溶解性。有机肥堆肥制作过程中允许添加来自自然界的微生物，禁止使用转基因生物及其产品。