甜菜是深根系作物。一般主根长2.5-3米，在干旱条件下可伸长到6米。侧根从块根两侧的根沟中生出，横向生长可达0.8-1.2米。甜菜具有很强的吸收养分能力，单位面积吸收的氮比粮食作物多2倍，磷多1.25倍，钾多3倍。一般认为，每生产1吨块根和相应数量的茎叶，需要吸收氮3.15-6.7千克、磷0.9-2.6千克、钾3-9.16千克。甜菜一生中可分为幼苗期、叶丛快速生长期、块根糖分增长期、糖分积累期等，不同生育期对氮磷钾的吸收量不同。

甜菜根系深，叶丛繁茂，吸肥力强，需肥量多，吸肥时间长，为了源源不断的提供甜菜生长期需要的营养物质，施用基肥非常有必要，基肥要施用有机肥，有机肥除了可以供给大量的营养元素外，还可以改善土壤理化性质。在中等肥力条件下，一般每667平方米基施有机肥1.5-2吨，混施过磷酸钙15千克，尿素5-10千克，硫酸钾5-10千克；高产田每667平方米基施有机肥2-3吨，混施过磷酸钙20千克，尿素10千克左右，硫酸钾10千克。在缺锌土壤上，每667平方米基施硫酸锌1千克；在缺锰土壤上，每667平方米施用硫酸锰1-2千克；在缺硼土壤上，每667平方米基施硼砂1千克。

基肥施用时期和施用方法，同耕地时期有密切关系。我国北方春播甜菜区，普遍选用小麦茬或亚麦茬种植甜菜，于前作收货后，将有机肥撒施田间，结合伏耕将肥料翻入20-25厘米或更深层土壤中，耕地时间一般在8月中下旬。选用玉米等秋收作物茬种植甜菜，可结合秋耕施入肥料。基肥的施用方法，因耕地发放而异。采用平翻耕地的地区，采取撒施。垄耕的地区，采取条状沟施。