由于肥料养分的损失量和蔬菜对肥料养分的吸收量不同，不同施肥方法，肥料的增产效应也不同。在旱田可减少氨的的挥发损失，在水田可减少反硝化的作用，增加肥料与作物根系的接触面，有利于作物根系吸收肥效一般可以提高10%-15%。不同氮肥施用方式也不相同。一般认为，碳铵应深施覆土，尿素可表施。但事实上，尿素深施与表施肥效有显著差异。深施比表施平均每亩增产113千克，氮肥利用率比表施提高10%。对于磷肥来说，由于磷酸离子在土壤中扩散速度慢，易被土壤固定，集中施在根系附近更能提高其利用率。此外，多种肥料配合施用，可充分发挥养分间的交互作用，相互促进，提高肥效。

一般来说，各种保护设施中环境条件在冬、春季远优于露地，蔬菜产量和效益比露地大得多，所以施肥量也应比露地增加。例如，在地膜覆盖栽培中，优于植株生长发育快，产量高，从土壤中吸收的养分较多，加之盖膜后不便追施有机肥，这就要求在整地时一次施足优质有机肥，或施入足够的迟效性复合肥。在地力不足、中低等施肥水平、且管理粗放的情况下，如果生育后期不及时追肥，就会因营业不足而出现早衰，不能发挥地膜覆盖生育中、后期的增产潜力。