自1994年以来，国家对国内生产流通和进口的部分化肥品种一直实行免征或者先征后返增值税等优惠政策。根据税务总局《增值税部分货物征税范围注释》，化肥是指经化学和机械加工制成的各种化学肥料，范围包括化学氮肥、磷肥、钾肥、复合肥料、微量元素肥和其他化学肥料。优惠政策在保障化肥gong应、稳定农资价格、支持农业生产等方面发挥了积极作用。
“但随着形势的发展变化，上述政策的弊端日益显现。”财政部税政司有关负责人表示，化肥增值税优惠政策是在我国化肥gong不应求、国家对其实行价格管制、增值税抵扣链条不完整的背景下出台的，当前市场和政策环境都发生了较大变化，化肥价格管制已经全面放开，gong求关系已经由gong不应求转为产能过剩，且随着营业税改征增值税改革试点的推进，化肥企业的进项税抵扣越来越充分，继续对化肥实行增值税优惠政策的必要性不大。
“另一方面，从政策执行情况看，农民和企业实际受益不大，还带来了重复征税和政策不统一等问题，te别是化肥产能过剩和过度施用问题日益突出，要求取消化肥增值税优惠政策的呼声越来越强烈，部分化肥生产企业也建议尽快恢复征税。为了落实中央农村工作会议关于把过量使用的农业投入品尽快减下来的要求，顺应形势的发展变化，解决政策执行中出现的问题，有必要适时停止执行化肥增值税优惠政策。”财政部税政司有关负责人说。
财政部财科所副所长白景明认为，对化肥恢复征收增值税也是配合增值税改革的需要。“增值税改革的核心目的是实现抵扣链条的完整，消除重复征税。如果没有对化肥征收增值税，其下游企业没法实现抵扣，将影响增值税的全面改革。”他说。
